Atom API 経由でブックマークを登録しようとすると

返ってくるレスポンス(XML)の中身が変だし

そもそもブックマークの登録ができていません。
何かいじったのかなぁ?

ブックマークレットを使って(Atom API を使わずに)手動登録する場合は登録できてるようなので、Atom API 関連で何らかの不具合が発生しているものと思われます。