これは簡単に解決できないな

すでに誰かによって登録済み(だと知らずに)ブックマークする方法

そのまま通常の手順で登録しようとするとエラーになる。

当該ブックマークの登録ID(正式な用語は不明)を発見して、「+B」ボタンを押下(するのに相当する http request を送信)する必要がある。この登録IDを求める手段がない。無理やり実現しようとすると、Flog の全ブックマークを取得して、ローカルにデータベース(登録IDの一覧表)を構築するしかない。こまめにデータベースを更新する必要があるし、サーバに負荷がかかりそうだし。

ということで、登録しようとしてエラーになったら、Flog の画面を呼び出して、手動で登録するようにするしかないかも。